En la austera Castilla, doce frailes franciscanos reconstruyen su convento, destruido por las guerras contra los franceses. Un día, el hermano portero encuentra en la puerta a un recién nacido abandonado, y la comunidad decide hacerse cargo de él.
Marcelino crece entre travesuras y el cariño de los frailes. Una mujer le habla de su hijo Manuel, a quien no llega a conocer, pero, desde entonces, se convierte en su inseparable amigo imaginario.
El P. guardián de la casa ve que el niño crece sin el afecto de una madre y cree llegado el momento de buscarle una familia de adopción. Se lo propone al herrero del pueblo, pero el cariño de los frailes puede más, y Marcelino permanece con ellos.
Todo cambia para cuando, desobedeciendo la prohibición de los religiosos, Marcelino decide subir al desván. Allí descubre una gran imagen del Crucifijo que le hace correr de espanto; pero la curiosidad puede más y regresa. Entonces el miedo se transforma en compasión y nace una emotiva y dulce relación entre el Cristo y Marcelino, que cada día roba de la cocina pan y vino, para llevárselos.
El tema de la madre es siempre el centro de la conversación entre ellos y el pequeño expresa su deseo de irse al cielo, para estar con su madre y con la de Jesús. Mientras tanto, los religiosos, que han notado el cambio en el comportamiento de Marcelino, lo siguen hasta el desván, en donde son testigos de cómo el pequeño se "duerme" en los brazos de Cristo.
Un periódico japonés llegó a decir: "Con películas como ésta, se arreglaría nuestra sociedad en poco tiempo".
